Considerando que a frase “O banco, que a empresa tinha submetido o projeto, visto que tinha negócios com ela, propôs um novo procedimento para pagamento de juros a longo prazo” contém diversos problemas de ordem gramatical e textual, uma das possibilidades de correção, sem alterar o sentido, é:

O banco ao qual a empresa tinha submetido o projeto propôs um novo procedimento para pagamento de juros a longo prazo, visto que já tinha negócios com ela.