O modelo de gerenciamento do Plano Plurianual 2000-2003 já pressupunha a responsabilização para alcance dos resultados. A indicação de um agente responsável permitiria, também, o exercício da matricialidade do plano, pois, a despeito da estrutura hierárquica organizacional, o gerente poderia atuar no sentido de articular os meios para o enfrentamento dos problemas dos quais derivavam os programas, transpassando a fronteira da organização à qual pertencia funcionalmente. As avaliações anuais do Plano Plurianual 2000-2003 apontaram, ao longo desse período, entraves ao gerenciamento dos programas, entre os quais se destacam os fatores abaixo, exceto: