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A deterioração do palmito de pupunha está normalmente relacionada com o crescimento de microrganismos, pois a superfície ocasionada pelo corte dos toletes facilita a entrada e ação de microrganismos e as reações enzimáticas, além de exsudar a seiva para o ambiente da embalagem. Como medida alternativa para a conservação do palmito fresco, redução do metabolismo e da proliferação de microrganismos, deve-se fazer uso da refrigeração associada à atmosfera modificada.