O Uso de um espectrômetro de massa como um detector coloca algumas restrições sobre os métodos cromatográficos utilizados. Esta situação é diferente quando consideramos outros detectores. De fato, a transferência de métodos desenvolvidos em um HPLC acoplado a um detector UV para um detector de massas nem sempre é possível. É considerado uma limitação na tranferência de metodologia do detector de UV para o espectrômetro de massas:
