O cultivo protegido, quando realizado de forma inadequada, pode ocasionar rapidamente a salinização. Os sais presentes no solo elevam-se até a superfície e concentram-se, podendo inicialmente ocasionar deficiência nutricional e, em seguida, distúrbios, em decorrência de sua alta concentração no solo. A ocorrência de sais no solo pode ter duas origens, a saber:
