Para facilitar o trabalho das Unidades Gestoras, o SIAFI foi concebido para se estruturar por exercícios, onde cada ano equivale a um sistema diferente.

É um sistema de informações centralizado em Brasília, ligado por teleprocessamento aos Órgãos do Governo Federal distribuídos no país e no exterior.

A regra de formação do nome dos sistemas no SIAFI é a sigla da unidade orçamentária acrescida de quatro dígitos referentes ao ano do sistema que se deseja acessar.

Cada sistema no SIAFI está organizado por subsistemas, que, por sua vez, se organizam por módulos. Dentro de cada módulo estão agregadas inúmeras transações, que guardam entre si características em comum. Nesse nível de transação é que são efetivamente executadas as diversas operações do SIAFI, desde entrada de dados até consultas.