Os sistemas produtivos de avicultura de corte, suinocultura e bovinocultura de corte devem ser monitorados, devido a sua importância social e econômica, a seu nível de consumo pela população, à associação com doenças transmitidas por alimentos e ao uso de antimicrobianos. Dois microrganismos continuam sendo avaliados para o monitoramento da resistência aos antimicrobianos, devido a sua importância como bactérias de origem alimentar, sendo eles: