O Sistema Nacional de Auditoria (SNA), instituído pelo art.6º da Lei nº 8.689, de 27 de julho de 1993, e regulamentado pelo Decreto nº 1.651, de 28 de setembro de 1995, desdobra-se nos três níveis de gestão que compõem o SUS – Federal, Estadual e Municipal. De acordo com tal regulamentação, a Auditoria classifica-se em: