Portugal só deu início à colonização das terras conquistadas, que passaram a chamar-se Brasil, devido à pressão que sofria com o declínio de seu comércio com o oriente e com a sistemática ameaça estrangeira no território brasileiro.

O sistema de Capitanias Hereditárias foi implantado por D. João III mas não teve o sucesso esperado. Entre os fatores que contribuíram para o fracasso das capitanias podemos citar: falta de terras férteis em algumas regiões, falta de interesse dos donatários, conflitos com os indígenas, falta de recursos financeiros para o empreendimento por parte de quem recebia a capitania.

Tomé de Souza foi o primeiro Governador-Geral do Brasil e a sede do governo geral foi estabelecida na Bahia.

A estrutura econômica brasileira do período colonial tinha como principais características a monocultura, o latifúndio, o trabalho escravo e a produção para o mercado externo.

O primeiro núcleo de colonização do Brasil foi a Vila de Santos, fundada em 1532.