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Safras realizadas no período da seca facilitam o manejo integrado para o controle de doenças e de pragas. Para isso, é comum utilizar o plantio de cultivares com menor resistência a determinadas doenças, como a cultivar ágata.
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A mela ou requeima, que usualmente ocorre em condições de alta umidade e temperatura elevada, deve ser controlada por meio da aplicação semanal de fungicidas protetores, como produtos cúpricos.
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A sarna comum é causada por determinado fungo que se desenvolve bem em solos com pH abaixo de 6,0, e apresenta controle biológico, devendo o produtor efetuar o manejo integrado para o controle de doenças.
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A maior parte das viroses é evitável com a aplicação de inseticidas sistêmicos no sulco de plantio dos tubérculos de batata, além de aplicações semanais de inseticidas específicos para determinadas pragas.
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O controle da pinta preta, que geralmente ocorre em condições de alta temperatura e umidade, deve ser realizado com a aplicação semanal de fungicidas de contato, como produtos à base de mancozeb, e sistêmicos, como produtos à base de tebuconazole.