a decisão que concorda com o pedido de arquivamento do inquérito policial formulado pelo Ministério Público por atipicidade do fato possui eficácia preclusiva típica de coisa julgada formal; nesse caso, somente podem ser reabertas as investigações a partir do surgimento de elementos probatórios não integrantes do acervo colhido durante o inquérito.

se o juiz se dá por competente e o membro do Ministério Público se manifesta no sentido de que não quer oferecer denúncia por considerá-lo incompetente, ocorre, por parte do Ministério Público, um pedido de arquivamento indireto.

segundo o Código de Processo Penal, se o juiz discordar do pedido de arquivamento do inquérito policial formulado pelo Ministério Público deve enviar os autos ao procurador-geral do respectivo Ministério Público que, entendendo tratar de hipótese de denúncia, deverá designar outro membro para apresentá-la, mas não poderá, sob pena de supressão de instância, oferecê-la diretamente.

segundo a tese do arquivamento implícito, acolhida pelo Supremo Tribunal Federal e pelo Superior Tribunal de Justiça, este ocorre quando o titular da ação penal deixa de pedir o arquivamento do inquérito policial em relação a determinado indiciado, mas justifica em sua peça acusatória os motivos do não oferecimento da denúncia contra o imputado e, com base nas justificativas ministeriais, o juiz determina o arquivamento do inquérito policial.