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O SUS trabalha com três diferentes calendários de vacinação: da criança; do adolescente; e do adulto e do idoso, havendo ainda um programa de imunobiológicos especiais para pessoas com indicação clínica restrita.
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Apesar do grande sucesso do PNI, o instituto de Tecnologia em Imunobiológicos da FIOCRUZ (Biomanguinhos) não consegue suprir percentual significativo da produção de imunobiológicos e depende ainda das empresas privadas para o atendimento à população.
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A vacinação contra febre amarela deve ser realizada apenas em adolescentes e adultos que residam em áreas endêmicas ou que vão viajar para elas.
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O calendário de vacinação dá continuidade às campanhas de vacinação do Programa Nacional de Imunização (PNI), adequando-se às diretrizes do SUS de regionalização, integralidade e universalidade e à reforma sanitária.
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Com base na moderna teoria da complexidade, há proposta de sistematização de uma teoria geral da saúde-doença, designada holopatogênese, que se refere ao conjunto de processos de determinação (gênesis) de doenças e de condições relacionadas (pathos) tomadas como um todo integral (holos), compreendendo todas as facetas, manifestações e expressões de tal objeto complexo de conhecimento.